L'association a été créée en 1989 par Pierre Audin, Pierre Duchet et René Veillet. Des élèves volontaires et des enseignants de deux établissements jumelés pour l’occasion travaillent en parallèle, une fois par semaine, sur des sujets de recherche mathématique proposés par un chercheur professionnel.

30 ans de MATh.en.JEANS : Françoise Bavard, Présidente de l'Association de 2017 à 2019, a été décorée de la Légion d'honneur en novembre 2019.

Les élèves présentent leurs travaux de recherche lors de congrès régionaux, puis national, qui regroupent chaque année l’ensemble des ateliers MATh.en.JEANS.
En 2022, ils se déroulent jusqu'en mai à Saclay, Lille, en ligne Amérique du Nord et Berlin, puis Bordeaux, Lyon, Perpignan, Bruxelles, La Rochelle, Dijon...